말레이시아 최초의 문명은 수천 년 전으로 거슬러 올라간다. 고대 시기 말레이 제도는 강력한 해상 왕국들의 지배를 받았다.

7세기부터 13세기까지 번영했던 스리비자야 제국은 말라카 해협의 주요 무역로를 장악했으며, 이 지역을 동아시아, 남아시아, 중동을 잇는 핵심 국제무역 거점으로 만들었다.

이후 15세기에 말라카 술탄국이 두각을 나타내며 정식 이슬람 통치 체제를 확립하고 반도 전역에 이슬람 문화를 전파했다.

1511년 포르투갈이 말라카를 점령하면서 말레이시아는 식민지 통치를 겪기 시작했고, 뒤이어 네덜란드(1641~1824년), 영국(1786~1957년)이 통치했으며, 제2차 세계대전 기간인 1941년부터 1945년까지 일본이 말라야를 점령했다.

1957년 말레이 반도가 공식적으로 독립했고, 1963년 말라야, 싱가포르, 사바, 사라왁이 합병되어 말레이시아 연방이 출범했다. 이후 1965년 싱가포르가 연방에서 분리되어 독립국가가 되었다.